Реформы в банковском секторе привели к созданию двухуровневой системы, в которую входят Национальный банк (НБКР) и сеть коммерческих банков.

Деятельность банков регламентируется Законами Кыргызской Республики «О Национальном банке Кыргызской Республики», «О банках и банковской деятельности в Кыргызской Республике», «О лицензировании», «О банкротстве (несостоятельности)», «О банковской тайне».

Банковская система Кыргызской Республики представляет собой динамично развивающийся сектор экономики. Если 2002 год можно назвать переломным годом в развитии банковской системы, наступившим после трехлетней стагнации, а 2003 год – годом начала развития, то 2004-2005 годы – это время значительного усиления банковской системы и активного продвижения банковского капитала во все сферы жизнедеятельности экономики.

В банковскую систему страны входят Национальный Банк Кыргызской Республики, 18 коммерческих банков, 1 филиал иностранного банка и 1 специализированное банковское учреждение, Расчетно-сберегательная компания (данные на 01.01.2005 г.). Одиннадцать из них представляют собой банки с частичным участием иностранного капитала. Демир Кыргыз Интернэшнл банк и Бишкекский филиал Национального банка Пакистана имеют 100%-ный иностранный капитал. За исключением трех банков, все банковские учреждения, действующие на рынке Кыргызстана, являются частными предприятиями. В 2004 году увеличились активы и собственный капитал почти всех банковских учреждений страны.

Суммарные активы банковской системы за 2004 год возросли на 55,6%, составив 17,7 млрд. сом. Депозитная база системы увеличилась на 66,1%; в структуре депозитов превалируют депозиты юридических лиц, составляя 70,1% от суммарных депозитов. Объемы кредитования экономики за год выросли в два раза, составив на начало 2005 года 5,9 млрд. сом. Банки начали внедрять новые и совершенствовать уже предоставляемые услуги. Прибыль системы по итогам 2004 года достигла 327,7 млн. сом, а суммарный собственный капитал системы возрос на 25,1%.

Одной из основных проблем, препятствующих развитию банковской системы, остается высокая доля наличных расчетов между юридическими и физическими лицами внутри Кыргызской Республики. Существенная часть расчетов предприятий осуществляется или в наличной форме, или подкрепление счетов происходит в день исполнения платежа, что отрицательно сказывается на состоянии банковского сектора. Замедлен и процесс привлечения внешних инвестиций в финансовый сектор экономики страны. Кыргызская Республика до сих пор не подписала Гаагскую конвенцию об апостиле, что усложняет процедуру открытия счетов для нерезидентов и их работу в Кыргызской Республике. Растут потребности в международных банковских услугах, таких как торговое финансирование и документарные операции. На рынок Кыргызской Республики приходят новые банки Казахстана и России. Тем не менее, многие банковские продукты, активно используемые во всем мире, остаются незадействованными внутри страны. Среди положительных моментов можно отметить установление сотрудничества между банками в области создания регионального межбанковского процессингового центра. Банки сообща формируют списки ненадежных заемщиков.

В 2004 и в 2005 годах успешно прошла ежегодная Бишкекская Международная Банковская Конференция. Сам факт возможности проведения в стране такого представительного форума свидетельствует об укреплении и консолидации банковской системы Кыргызстана. Конференция позволила обратить внимание международного банковского сообщества на банковский бизнес Кыргызстана, помогла найти новых партнеров и, таким образом, способствовала интеграции банковской системы Кыргызской Республики в международную банковскую систему. Несмотря на политические потрясения марта 2005 года банковская система страны продолжила свое успешное развитие. В первую неделю после революционных событий наблюдался некоторый отток средств клиентов из банковской системы, но впоследствии ситуация стабилизировалась. Это подтверждается положительной динамикой основных финансовых показателей: в первом полугодии 2005 года совокупные активы коммерческих банков возросли на 16,2%, депозитная база увеличились на 22,1%.

Чистая прибыль банковской системы по итогам деятельности первого полугодия 2005 года составила 257,5 млн. сом, что превышает результат работы системы в аналогичном периоде 2004 года более чем в 1,8 раза.